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華為云與北大BIOPIC結(jié)合公布卵白質(zhì)多序列比對
醫(yī)療管理系統(tǒng) 網(wǎng)給您推薦一篇行業(yè)文章,主要內(nèi)容是,近日,華為與北京大學生物醫(yī)學前沿創(chuàng)新中心(BIOPIC)、北京大學化學與分子工程學院、深圳灣實驗室高毅勤教授課題組聯(lián)合推出蛋白質(zhì)多序列比對(Protein 果您感興趣,請閱讀后面的詳細內(nèi)容, 醫(yī)療管理系統(tǒng) 網(wǎng)提供國內(nèi)最優(yōu)秀的醫(yī)療管理系統(tǒng) ,由 北京昊合醫(yī)療科技有限公司研發(fā),醫(yī)療管理系統(tǒng) 經(jīng)過了十多年的完善和升級,現(xiàn)在功能強大,操作簡單, 用戶遍及全國各地,如果您感興趣,可以隨時聯(lián)系我們。
克日,華為與北京大門生物醫(yī)學前沿立異中間(BIOPIC)、北京大學化學與份子工程學院、深圳灣嘗試室高毅勤傳授課題組結(jié)合推出卵白質(zhì)多序列比對(ProteinMSA)數(shù)據(jù)集,期望在尺度化的數(shù)據(jù)集根底上,支持研討職員開辟先輩的AI模子,加深對卵白質(zhì)構(gòu)造、功用和退化的認知,并停止卵白設(shè)想與革新。此數(shù)據(jù)集將公布于華為云AIGallery平臺,相干代碼及數(shù)據(jù)集闡明將依托于華為全場景AI計較框架MindSpore停止開源開放、按期擴大與保護,旨在為全球相干的產(chǎn)、學、研團隊供給優(yōu)良的數(shù)據(jù)同享處理計劃。本次開源的ProteinMSA數(shù)據(jù)集完整籠蓋最新版本(2021年2月公布)的UniRef50數(shù)據(jù)庫中的卵白質(zhì)序列,接納學術(shù)界的“金尺度”搜刮辦法,對約0.5億條卵白序列停止了充實的MSA搜刮與比對(MSA均勻深度大于1000),是今朝天下范疇內(nèi)范圍最大、參考數(shù)據(jù)集最新、籠蓋度最廣的開源卵白質(zhì)MSA數(shù)據(jù)集(之前最大的開源MSA數(shù)據(jù)集包羅10萬個卵白MSA)【1】。人類已知的卵白質(zhì)序列曾經(jīng)超越4.4億條,但僅憑這些卵白質(zhì)單序列數(shù)據(jù)庫,很難理解卵白之間的干系。ProteinMSA數(shù)據(jù)庫是一個對差別卵白質(zhì)序列之間的干系停止了標識表記標的大范圍“干系型”數(shù)據(jù)庫,被標識表記標為聯(lián)系關(guān)系的卵白質(zhì)序列之間的類似度、退化干系、漸變地點位點的散布等信息對卵白質(zhì)構(gòu)造和功用的猜測極其主要。為了更好地效勞于跨范疇的研討職員,ProteinMSA數(shù)據(jù)集將被構(gòu)造成具有多重形狀的數(shù)據(jù)格局。原始數(shù)據(jù)集(近30T)將以UniRef系列數(shù)據(jù)庫【2】和UniClust數(shù)據(jù)庫【3】的尺度文本情勢存儲,并根據(jù)序列長度停止朋分與緊縮。為了便于AI范疇的研討職員間接利用,ProteinMSA數(shù)據(jù)集還會將文本格局的數(shù)據(jù)集轉(zhuǎn)化為浮點數(shù)張量范例緊縮存儲,并對已有的AI框架如MindSpore停止數(shù)據(jù)接口的撐持。高毅勤傳授暗示:“我們鼓舞并等待來自生物信息學、數(shù)據(jù)迷信和AI研討等范疇的專家和人材充實碰撞與協(xié)作,引入、改良或設(shè)想全新的AI模子,來充實地發(fā)掘ProteinMSA數(shù)據(jù)集合所躲藏的‘天然的機密’”。從迷信的角度看,MSA的數(shù)目和質(zhì)量很大水平上影響了今朝最先輩構(gòu)造模子的猜測速率和精度,并且發(fā)生MSA的非參數(shù)化算法還是諸多卵白猜測辦法中決議速率的次要步調(diào)之一。因而,ProteinMSA數(shù)據(jù)庫自己能夠作為這些構(gòu)造猜測模子的預(yù)鍛煉質(zhì)料,用來發(fā)掘序列信息以至疾速天生新的序列特性,這對處理研討、設(shè)想卵白質(zhì)中所面對的高變異序列和孤兒序列等成績具有宏大的潛伏代價。此次數(shù)據(jù)庫的公布,依托于華為云AI
Gallery平臺,可以充實保證國表里用戶關(guān)于數(shù)據(jù)集的會見和下載,并供給可連續(xù)更新與擴大的先輩數(shù)據(jù)保護計劃和下流AI使用與布置的相干撐持,交融了產(chǎn)、學、研相分離的研討形式的劣勢。別的,華為也與北京大學高毅勤課題組結(jié)合開辟并開源了首個國產(chǎn)份子動力學軟件MindSponge。將來,華為將牽手更多的學術(shù)科研界協(xié)作同伴,在質(zhì)料、生物、醫(yī)藥等更普遍的迷信計較范疇打造數(shù)據(jù)鞭策的研討新形式。數(shù)據(jù)集開源闡明:https://gitee.com/mindspore/mindscience/tree/master/MindSPONGE/protein_msa數(shù)據(jù)集下載地點:【1】AlQuraishi,ProteinNet: a standardized data set for machine learning of protein structure.bioinformatics【2】Suzek,Consortium.comprehensivealternativeBioinformatics,【3】Mirditaalignments,
近日,華為與北京大學生物醫(yī)學前沿創(chuàng)新中心(BIOPIC)、北京大學化學與分子工程學院、深圳灣實驗室高毅勤教授課題組聯(lián)合推出蛋白質(zhì)多序列比對(Protein,我公司是一家專業(yè)從事醫(yī)療管理系統(tǒng) 十余年高科技公司,公司的醫(yī)療管理系統(tǒng) ,目前用戶遍及全國各地,它價格低廉,部署簡單,極易上手,是醫(yī)院管理者管理決策的好幫手。如有需要請聯(lián)系我們:
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